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以下原因可造成信号峰分裂：
色谱柱污染
毛塞局部堵塞
无效柱床
注射溶剂效应
共洗脱化合物
在注射未经过滤的样品或者样品溶剂和移动相不一致时，经常会导致色谱柱污染或毛塞局部堵塞。如果是由于样品溶剂的不匹配，样品组分可能在色谱柱入口处与移动相相混时，或是与毛塞的金属质表面接触时产生沉淀析出。
无效柱床的形成要么是由于流体动力学因素（高流速，移动相高粘度）对于装填效果不佳的色谱柱带来的应力作用，要么是由于机械作用力（色谱柱掉落）或者在化学作用下出现填料溶解（比如，pH>12）。
当注入溶剂的洗脱强度高于移动相时，会出现峰分裂或者峰形变宽。此效应在早期出现的洗脱峰上表现得尤其明显。
峰分裂也可能在任意两种化合物发生共洗脱时出现。如果是这个原因，使用更高柱效（理论塔板数）的色谱柱应能将峰信号彼此更好的分开。使用更小尺寸的填料颗粒或者提高柱长应该能解决问题。提高工作温度和/或减小移动相粘度也可能促进分离效果。
此外，一种化合物可能在两种状态下被洗脱出来，比如，在移动相中呈离子对状态的试剂量不足或者移动相缓冲能力不够的话。
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