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1.液相系统没有平衡好，柱子里的流动相一直在变化，在检测器里面的吸收就会一直变化，导致基线波动的发生；梯度时如果其实比例的流动相平衡时间过短也会造成基线波动；
2.实验室环境不稳定（比如温度忽高忽低，气流不断变化等），这对于没有柱温箱或只有单向温度变化的HPLC仪器的影响尤其明显；即使有比较好的柱温箱时，也要注意别让空调的出风口一直对照仪器吹，那样基线也可能会波动；此外实验室有电磁干扰时，也有可能会导致此问题的发生；
3.检测器的流通池被污染，造成吸收的不恒定，此时需要清洗流通池；
4.检测器灯能量不足时，吸收会变得不稳定，这时基线一般也不稳定，特别是在低波长处尤为明显；
5.当使用低波长检测时，有时流动相会使用两相或以上的等度，这时混合器的很小的混合比例的误差都会被放大，很有可能会使基线发生波动，这时将流动相按比例混合到一个通道里时，一般都会使情况改善很多；
6.流动相里的有机相的截止波长要大于检测波长20nm以上，这一点切记，比如甲醇的截止波长是210nm，乙腈是190nm。当使用230nm以下的检测波长时，如果条件允许，使用乙腈，可以避免基线波动，其余类推；
7.仪器出现问题也会造成基线波动，比如(1)流动相过滤头堵塞、入口主动阀滤芯污染、单向阀被污染物堵塞、泵头有气泡、比例阀出故障、系统流路漏液，比如管路裂开、peek接头没*连上色谱柱而导致的泄露等；
8.没有脱气机的仪器，当流动相未脱气或脱气未*时，基线也会波动；有脱气机的每次使用前都要检查一下是否正常工作；
9.当大家使用梯度作为组分洗脱方式的时候，有条件的使用超纯水，磷酸盐、三乙胺等固体液体加入试剂也使用HPLC级别的，因为在梯度中随着有机相（洗脱力较强）的不断增加，流动相系统里的杂质会在基线上反映出来，导致出现鬼峰或基线波动；
10.流动相中的有机相和缓冲液的比例一定要注意调配好，缓冲液的比例不能过大，要不然会出现缓冲盐在柱子里析出的情况，这样不但会造成基线波动的发生，甚至会造成色谱柱毁坏；
11.当色谱柱被污染时，也会造成基线波动，这里尤其要注意的是大家在做合成中控实验的时候，不要用合成的原始反应液直接进样，因为原液里面有很多非极性或极性很小的化合物，一旦进入到反相色谱柱里和非极性的C18发生相互作用，很可能就洗脱不下来使色谱柱变性或者慢慢的被洗脱下来，造成以后的分析出现不稳定的鬼峰或者基线波动；
12.一些比较老的液相仪对电压要求很高，电压有点起伏检测器就会反映教明显，比如老的惠普和岛津等仪器，这时需要配一个稳压电源来解决此问题；此外仪器和电脑之间连接的数据线出问题或老化也可能会使基线波动。
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