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对于大多数的液相色谱柱厂家而言，每根色谱柱在出库之前都经过了测试，并存放在测试洗脱液中进行运输。因此，在使用时，没有必要用水进行冲洗，只要用流动相*地平衡色谱柱即可。如果使用流动相添加剂（如缓冲液或离子对试剂），建议使用含原有比例但不含这些添加剂的流动相进行中间过渡。使用10至20个色谱柱体积进行冲洗将有助于过渡到流动相。对于具有较短化学链（例如C8、苯基、CN）键合相的色谱柱，应小心确保在使用色谱柱之前对其进行*的平衡。这样可确保重复性，并有助于防止保留时间的漂移。
正相溶剂和反相溶剂是不互溶的，这一点不能忽略。对于新购柱子，首先请注意打开分析测试说明书，了解柱子的保存溶剂。如果保存溶剂与你将要使用的流动相不互溶，请先用异丙醇过渡。过渡过程中注意因异丙醇粘度较大，会导致柱压升高，适当调低流速。如果流动相中含有缓冲盐类，先用不含缓冲盐的同比例流动相过渡，避免缓冲盐的析出。
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